Le service éducatif du Musée d'Archéologie du Jura est à la disposition des enseignants et leur permet de monter des projets pédagogiques. Un professeur détaché tient une permanence le Mercredi de 14h à 17h.

Le Musée en collaboration avec l'Association "Centre Jurassien du Patrimoine" organise des animations destinées à un public d'enfants. Celles-ci se déroulent dans le cadre scolaire ou en dehors de l'école (vacances et mercredis).
Dans la plupart des ateliers, les enfants réalisent des objets et les emportent.
D'autres ateliers permettent aux enfants de reproduire les gestes de leurs ancêtres : lancer de sagaies, dessin préhistorique, allumage de feu. Ils se déroulent en extérieur.