Ce verre à pied des années 1550-1650 à été découvert lors de la fouille de la place de la Comédie. Un dépotoir contenant des rebuts domestiques (XVIème et XVIIème siècle) a également été mis au jour. Les trouvailles (vaisselle et récipients, ossements d'animaux) renseignent sur les habitudes culinaires des lédoniens de l'époque moderne.

Le Jura est revenu depuis 1493 dans le giron des Habsbourg. Il connaît au XVIème siècle un essor économique certain, d'autant plus qu'il possède la capitale : Dole.

Philibert de Chalon (1502-1530), né à Lons-le-Saunier et mort lors de la conquête de Florence par Charles Quint, est un personnage représentatif de la Renaissance, période riche en contacts et en créations artistiques.

Après la conquête française de 1678, une nouvelle période faste succède à un siècle de malheurs.

De façon générale, à partir du XVIIème siècle, les villes se développent dans un souci d'hygiène et d'urbanisme. Lons-le-Saunier est un bel exemple d'adaptation aux réalités successives des temps. Ville de saline, de vignoble, commerçante autant qu'administrative, elle est marquée au XIXème siècle par des grands travaux qui contribuent à faire mieux connaître un passé plus ancien.