La pirogue de Chalain, découverte en 1904, a été ramenée au Musée par Louis-Abel Girardot, alors conservateur. Elle constitue une pièce "maîtresse" du Musée aussi bien par son intérêt que par sa taille (9,35m de long!).

Elle a été étudiée par le laboratoire de dendrochronologie de Besançon. Le dernier cerne de croissance observé sur le bois de chêne dans lequel elle a été taillée remonte à 959 avant notre ère (Age du bronze).

La pirogue est exposée en permanence au Musée, dans un décor réalisé par Josette Coras.