A partir du XIème siècle, le Jura se couvre de châteaux. Les XIIème et XIIIème siècles sont marqués par un foisonnement de la vie religieuse. Eglises et établissements monastiques se multiplient. Avec la maturité du XIIIème siècle, les villes se développent (Lons-le-Saunier, Arbois, Poligny, Dole).

Le Jura connait un essor économique pendant le Bas Moyen-Age, grâce à sa position géographique proche des grands axes du commerce international. A partir des fouilles, les objets archéologiques, les dessins et les fac simile permettent de reconstituer la vie quotidienne dans les forteresses de l'époque. Par exemple, de découvrir la cuisine et la table du château de Pymont.