En effet, le clocher a été reconstruit en 1880, l’escalier à double volées achevé vers 1845. Et les incendies des 16ème et 17ème siècles n’épargnèrent pas le monument. Pourtant, l’église a été élevée au 11ème siècle, en pleine vague de construction religieuse (“un blanc manteau d’églises recouvrit la chrétienté” - Raoul Glaber), sur les vestiges d’un sanctuaire chrétien antérieur, qui avait lui-même succédé à un culte plus ancien, peut-être païen. Son histoire est indissociable de celle du culte rendu à Saint-Désiré, évêque du 5ème siècle et qui, décédé à Lons vers 414, fut inhumé dans le lieu de culte que lui-même destinait à Saint-Nicolas.

1 - La nef, les bas-côtés

Longueur : 25m - Largeur : 7m18 - Hauteur : 10m80

Il semble que la nef ait été élevée dès 1080 (un document de 1083 atteste l’existence de l’église) dans le plus pur style roman franc-comtois. Ses principales caractéristiques sont simples :

• absence de décor historié : pas de fresques ni de peintures, (l’enduit ayant été enlevé lors de la restauration de 1931 pour mettre à jour l’appareil en pierre), pas de chapiteaux entre les piles et les arcades en plein cintre mais de simples angles épannelés en triangle ;
• des piliers très originaux : ils n’ont en effet pas tous la même forme. C’est une particularité que l’on retrouve dans d’autre églises romanes du Jura, notamment à Baume-les-Messieurs. Par contre, ce sont les piliers les plus hauts des églises romanes franc-comtoises.
• quelques fenêtres hautes témoignent à la fois du faible éclairage de la nef romane et du remplacement de la charpente primitive au 17ème siècle : elles sont en effet totalement désaxées par rapport aux voûtes d’ogives et désormais aveugles.

Les bas-côtés ont conservé leurs voûtes d’arêtes d’origine. Ils sont moins hauts et celui du Nord est encore éclairé par les fenêtres romanes primitives.

La nef a été amputée de son extrémité Ouest (une travée et deux chapelles du 14ème siècle) vers 1809 lorsque l’on construisit le portail d’entrée à la Préfecture du Jura. A cette date, l’entrée fut transférée sur le flanc Nord. Plus tard, vers 1852, la façade Ouest fut remaniée, une tribune construite (1852) et une rosace posée.

2 - La Piéta (ou descente de croix)

Elle provient du prieuré de Gigny (Jura) et daterait des années 1470-80. Elle présente des analogies frappantes avec la production des ateliers bourguignons reprenant le style de Claus Sluter. Surtout, fait rare, elle regroupe, autour du Christ et de la Vierge, la plupart des personnages qui assistèrent à la Passion.

3 - Les orgues

L’orgue a été construit vers 1839-1840 par la Société Daublaine-Callinet, avec un buffet assez original dans la production de ce facteur. Il a été installé sur cette tribune après des travaux dans la nef, en 1852. Il contient dix-huit jeux sur deux claviers et pédalier.

4 - La crypte

Longueur : 12m63 - Largeur totale : 6m16 - Hauteur : 2m75

On accède à la crypte par des escaliers de part et d’autre du maître autel. Tout indique que la crypte a été reconstruite à plusieurs reprises, la dernière fois en 1060, sur l’emplacement d’un sanctuaire plus ancien. Les réemplois de matériaux (les piliers, ...) sont en effet fréquents. L’art roman primitif y est exceptionnellement bien représenté : la crypte compte trois nefs de six travées, voûtées en plein cintre. L’abside et les absidioles sont voûtées en cul de four. Dans l’abside se trouve le sarcophage, vide de Saint-Désiré, couché sur le flanc. Dessous, un autre sarcophage pourrait être la sépulture primitive du saint patron. Entre l’abside et les absidioles, deux chapiteaux d’une exceptionnelle qualité : ils dateraient du 5ème siècle et sont ornés de motifs évangéliques : l’un arbore le poisson, l’autre l’aigle.

Au fond, une statue du 16ème siècle figure un évêque qui pourrait être Saint-Désiré. Retrouvée brisée en plus de soixante morceaux dans une église il y a plusieurs années, elle a été remarquablement restaurée.

5 - Le transept Nord, le choeur, le clocher

C’est, avec la nef, le seul vestige roman important. Dans le mur, entourant l’autel, des traces d’un arc en plein cintre (déambulatoire ?) ainsi que, plus à gauche, celle d’une absidiole, témoignent des ravages du feu et de la reconstruction, après 1595, du chevet. Le choeur, en effet, ne fut achevé qu’après l’incendie de 1637, même s’il emprunte son style à un gothique tardif avec ses sept baies en tiers-point.

A noter, dans la petite chapelle au Nord, une belle Vierge à l’Enfant de l ’école bourguignonne de la fin du 15ème siècle.

Enfin, le clocher a été reconstruit sur le transept Nord en 1604, puis, après différents aléas (en 1795, il fut abattu), achevé, dans sa physionomie actuelle, en 1880.